En 2014 se trasladó a Pamplona, donde ha colaborado de forma activa en el gobierno de la Universidad lo que le ha permitido conocer de cerca los centros académicos, asistenciales y de investigación de los distintos campus, entre ellos el Cima y la Clínica. Ha compatibilizado esta dedicación con la docencia de posgrado en los dos campus de la Universidad en Pamplona y en Madrid.
Por su parte, José Andrés Gómez Cantero asume la dirección de la FIMA, entidad titular del Cima Universidad de Navarra, el centro de investigación de la Clínica. Durante los años que ha estado al frente de la dirección de la Clínica se ha producido la expansión (primero con el centro ambulatorio de López Pozas y después con la apertura de la sede de la Clínica en Madrid -noviembre de 2017-) y ha impulsado su proceso de internacionalización, manteniendo los estándares de excelencia asistencial y personalización de la medicina, con una Enfermería especializada. En este último año y medio, además, ha gestionado la pandemia por Covid-19 e hizo frente al reto de compaginar la actividad Covid con la actividad ordinaria.
En los últimos años, además, la trayectoria de la Clínica ha sido reconocida por su buena reputación a nivel nacional e internacional.
El rector de la Universidad, Alfonso Sánchez-Tabernero, ha agradecido “la gran labor realizada por José Andrés, en el crecimiento y consolidación de la actividad asistencial, docente e investigadora de la Clínica. Hoy es un hospital más grande, con dos sedes, a la vez que siguen vivas sus señas de identidad” y ha hecho una mención especial al liderazgo de todo el Consejo de Dirección y al compromiso de los profesionales de la Clínica en estos años, marcados muy especialmente por la dureza de los últimos meses.