Regresó a Madrid al Diario 16 como redactor jefe y responsable, sucesivamente, de las áreas de Cierre, Economía y Suplementos, y después como jefe de redacción. En enero de 2002 ingresó como responsable de Motor en Cinco Días, diario en el que posteriormente ejerció de redactor jefe de la edición de fin de semana y de la nueva sección Cinco Sentidos, siendo nombrado subdirector en 2005.
Se incorporó a EL PAÍS en marzo de 2006 como redactor jefe de Motor y Suplementos Especiales. Desde este puesto puso en marcha los suplementos mensuales Motor y Tierra. Desde 2007 hasta 2013 fue redactor jefe de Sociedad, área que abarcaba Vida y Artes, Ciencia, Salud, Educación y Pantallas. Desde febrero de 2013 hasta mayo de 2014 fue redactor jefe de la web del diario. Desde mayo de 2014 hasta la actualidad desempeñó el cargo de redactor jefe del suplemento cultural Babelia, donde llevó a cabo una renovación de contenidos y el lanzamiento de la edición digital Babelia.com.
En EL PAÍS De Querol ha sido columnista habitual del periódico, crítico de televisión y coordinador del blog Mujeres, y ha impartido cursos en la Escuela de Periodismo UAM-EL PAÍS. Casado y con dos hijos, es autor de los libros electrónicos El posmacho desconcertado y Los Beatles en versión comprimida, y coautor de Los Beatles en 17 discos. De Querol sustituye en el puesto a Jorge Rivera, que se incorpora a la dirección adjunta de EL PAÍS.
CINCO DÍAS es el diario decano de la prensa económica española. A lo largo de sus 38 años de vida ha sido testigo directo de todas y cada una de las grandes transformaciones que el mundo de los negocios ha experimentado en la España democrática. Por ello, se ha convertido en un referente imprescindible para todo aquel que quiera estar perfectamente informado sobre lo que sucede en la economía, tanto nacional como internacional. CINCO DÍAS es una de las cabeceras pioneras en el desarrollo de la información económica en el ámbito digital, terreno en el que mes tras mes encadena notables crecimientos de audiencia.